Les experts de la FAO appellent à des recherches plus systématiques sur les écosystèmes dynamiques qui ont un impact sur la santé humaine ainsi que sur la sécurité alimentaire et la santé planétaire. Toutes les preuves suggèrent que le microbiome, un concept émergent faisant référence aux écosystèmes complexes constitués de et par des bactéries et d’autres micro-organismes, a une puissante valeur explicative pour les questions liées à la santé humaine, végétale et planétaire.

Pour contribuer au débat scientifique, et pour le stimuler et l’orienter davantage, des experts de l’Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO) ont produit quatre nouvelles publications, dont une consacrée à la santé des sols, et trois revues scientifiques sur la façon dont les microplastiques , les résidus de pesticides et les médicaments vétérinaires peuvent avoir un impact sur la sécurité de notre approvisionnement alimentaire.

« Les bilans qui ont été faits sur les pesticides et les médicaments vétérinaires, ainsi que sur les microplastiques révèlent que d’un point de vue méthodologique, il reste encore beaucoup à faire pour renforcer et systématiser la structuration de la recherche afin que ce domaine prometteur puisse effectivement s’intégrer dans la façon dont nous façonnons les normes alimentaires », a déclaré Catherine Bessy, responsable principale de la sécurité sanitaire des aliments à la FAO.

En gros, un microbiome est la communauté de bactéries, champignons, archées et autres micro-organismes et leur théâtre d’activité, qui comprend leurs interactions entre eux et leurs environnements respectifs. Les microbiomes existent dans et à travers tous les écosystèmes, dans les plantes, les animaux, les sols, les forêts, les océans et, surtout, chez les humains. Tous varient énormément dans leur composition et leurs fonctions, dans l’espace et dans le temps, mais la recherche, aidée par les progrès technologiques du séquençage génomique, met en évidence certains schémas généraux qui peuvent être corrélés à la santé ou au dysfonctionnement de leurs hôtes et de leurs écosystèmes hôtes. Un corpus croissant de preuves suggère que le microbiome intestinal peut être associé à de nombreux résultats en matière de santé et de nutrition, notamment le retard de croissance des enfants, l’obésité et le surpoids, les fonctions cognitives, les fonctions immunitaires, entre autres.

Il est difficile d’établir la causalité, d’autant plus que de nombreux domaines et fonctions du microbiote dans un habitat ou un intestin donné restent inconnus. Un thème commun aux nouveaux rapports de la FAO est que la recherche sur le microbiome a besoin d’un cadre plus harmonisé.

L’examen recommande d’organiser une série de réunions avec des évaluateurs de risques et des experts multidisciplinaires du microbiome pour parvenir à un consensus sur les définitions et établir des normes de recherche et des lacunes dans les connaissances, a déclaré Carmen Diaz-Amigo, spécialiste de la sécurité sanitaire des aliments à la FAO qui a aidé à les préparer.

Résidus de pésticides

Alors que la FAO, en collaboration avec l’Organisation mondiale de la santé, a produit au cours des 60 dernières années un vaste corpus de travaux normatifs sur les risques que les résidus de pesticides présentent pour la santé humaine et la santé des cultures, on en sait moins sur les impacts de l’exposition à long terme à des niveaux de dose plus faibles. sur le microbiote intestinal et la santé.

Les experts de la FAO ont produit « L’impact des résidus de pesticides sur le microbiome intestinal et la santé humaine », une revue systématique des travaux scientifiques récents réalisés sur ce sujet.

Seuls quelques pesticides ont été inclus dans la recherche sur le microbiome jusqu’à présent, et la plupart des études ont sélectionné des ingrédients controversés tels que le glyphosate et le chlorpyrifos – qui commandent tous deux de longues sections du rapport de la FAO.

Alors que l’exposition aux pesticides dans les modèles de rongeurs a entraîné des altérations du microbiome intestinal et de l’homéostasie de l’animal dans la grande majorité des cas, la démonstration de la causalité a jusqu’à présent été limitée, souvent en raison de la conception des expériences. L’une des raisons est qu’il existe des aspects essentiels du microbiome que nous ne comprenons pas encore ou même ne connaissons pas : des milliers d’espèces microbiennes nouvellement identifiées attendent un nom, et les voies métaboliques de la plupart de ce qui se trouve dans les métagénomes fécaux, une clé outil empirique, restent inconnues. En plus de cela, il n’y a presque pas encore eu d’attention à la façon dont les micro-organismes non bactériens tels que les virus sont affectés par l’exposition aux pesticides ou à la façon dont ils contribuent aux interactions microbiome-hôte.

Définir ce qui constitue un microbiome sain serait un pas en avant utile, bien que difficile car il est façonné par une multitude de facteurs, notamment les habitudes alimentaires et les conditions environnementales.

Se concentrer sur le microbiome implique d’élargir l’analyse au-delà des ingrédients actifs des pesticides pour prendre en compte d’autres co-formulants inclus dans les produits commerciaux, ainsi que l’impact des effets cumulatifs et combinés compte tenu de cas réels tels que l’utilisation courante de différents pesticides sur la même culture.

Microplastiques

Les particules microplastiques sont des contaminants omniprésents dont l’impact potentiel sur les microbiomes intestinaux n’a pas encore été suffisamment étudié, bien que certaines recherches aient été menées sur des animaux aquatiques et qu’il ait été démontré qu’elles affectent les communautés microbiennes dans les sols d’une manière qui peut éventuellement affecter des réseaux trophiques entiers. Il est également préoccupant que de minuscules particules de plastique puissent absorber d’autres contaminants à leur surface et héberger des biofilms qui agissent comme porteurs de vecteurs pathogènes et de résistance aux antimicrobiens.

Dans « L’impact des microplastiques sur le microbiome intestinal et la santé – Une perspective de sécurité alimentaire », les experts de la FAO notent que la science dans ce domaine en est encore à ses balbutiements, identifient les lacunes dans les connaissances et signalent le type de recherche nécessaire pour contribuer à des évaluations des risques plus solides. et les décisions réglementaires.

Résidus de médicaments vétérinaires

Des études ont montré qu’environ les deux tiers des produits pharmaceutiques que les humains utilisent par voie orale sont métabolisés par au moins une souche de bactéries intestinales et que le taux de transfert de gènes dans le microbiote intestinal est 25 fois plus élevé que dans d’autres environnements.

Cela rend l’impact des médicaments d’un intérêt particulier. Cependant, la plupart des études évaluant leur impact s’inscrivent dans le contexte clinique, ce qui est insuffisant pour évaluer les effets des résidus de médicaments vétérinaires, qui peuvent s’accumuler par exposition chronique à des niveaux significativement inférieurs à ceux utilisés dans les traitements préventifs ou thérapeutiques.

Dans « L’impact des résidus de médicaments vétérinaires sur le microbiome intestinal et la santé humaine », les experts de la FAO décrivent les moyens de rendre les recherches futures plus systématiques, en soulignant la nécessité d’études plus longitudinales, la définition et la validation des biomarqueurs liés au microbiome, et un accent sur la détermination de la causalité, entre autres thèmes.

Sols

Dans un autre article, publié dans Nature Communications, Ronald Vargas, expert des sols de la FAO et secrétaire du Partenariat mondial sur les sols, appelle à reconnaître explicitement que les microbiomes du sol doivent être explicitement pris en compte afin d’atteindre les objectifs de One Health.

Des microbiomes de sol sains sont un facteur important qui sous-tend la sécurité alimentaire mondiale. Ceux à faible diversité, cependant, ont été liés au transfert de l’agent causal de la typhoïde aux plantes, aux fruits comestibles et aux graines.

Comprendre les microbiomes du sol est complexe car alors que les microbiomes intestinaux sont hébergés par des organismes biologiques discrets tels que les personnes, dont la santé peut être surveillée, le sol est un habitat pour un hôte de microbiote agissant dans un continuum de fonctions, de réponses et de résilience en interaction.

Vargas et ses co-auteurs ont suggéré une feuille de route en cinq étapes pour savoir comment inclure les microbiomes du sol dans les cadres One Health. Avant tout, un réseau de centres de connaissances est essentiel pour collecter, stocker et intégrer les données sur le microbiome du sol, y compris les faits liés aux agents pathogènes humains, aux polluants et à la résistance antimicrobienne.

Le Partenariat mondial sur les sols, hébergé par la FAO, pourrait servir de colonne vertébrale à un tel centre, qui, entre autres tâches, pourrait aider à rassembler des ensembles de données actuellement fragmentés générés par une énorme poussée au cours de la dernière décennie.